16 फरवरी, 2016 को, एक अमेरिकी संघीय न्यायाधीश ने ऐप्पल को सैयद फारूक के स्वामित्व वाले आईफोन में एफबीआई हैक करने में मदद करने का आदेश दिया, जो कि शूटरों में से एक था। दिसंबर 2015 के हमले सैन बर्नार्डिनो में।

एफबीआई ने ऐप्पल को आईओएस का एक संस्करण बनाने के लिए कहा जो दोनों पासकोड सुरक्षा सुविधाओं को अक्षम कर देगा और पासकोड को इलेक्ट्रॉनिक रूप से दर्ज करने की अनुमति देगा, जिससे वह डिवाइस पर पासकोड को बलपूर्वक लागू कर सके।

ऐप्पल ने घोषणा की कि वह टिम कुक द्वारा लिखे गए एक खुले पत्र में आदेश का विरोध करेगा, जिन्होंने कहा था कि एफबीआई का अनुरोध स्मार्टफोन एन्क्रिप्शन के भविष्य के लिए गंभीर प्रभाव के साथ एक 'खतरनाक मिसाल' स्थापित करेगा। ऐप्पल ने कहा कि एफबीआई ने जो सॉफ़्टवेयर मांगा है वह 'मास्टर कुंजी' के रूप में काम कर सकता है जिसका उपयोग किसी भी आईफोन या आईपैड से जानकारी प्राप्त करने के लिए किया जा सकता है - जिसमें उसके सबसे हालिया डिवाइस शामिल हैं - जबकि एफबीआई ने दावा किया कि वह केवल एक आईफोन तक पहुंच चाहता था।

एफबीआई के साथ ऐप्पल का विवाद 28 मार्च, 2016 को समाप्त हो गया, जब सरकार ने इजरायली फर्म सेलेब्राइट की मदद से आईफोन पर डेटा तक पहुंचने का एक वैकल्पिक तरीका खोजा और मुकदमा वापस ले लिया।